祖冲之，429年（南朝宋元嘉六年）出生于建康（今南京），祖籍范阳郡遒县（今河北涞水县）。西晋末期，北方再次发生大规模战乱，祖冲之的先辈从河北迁移到江南，并在江南移居下来。
祖冲之就出生于在江南，其祖父祖昌任刘宋朝大匠卿，是朝廷管理土木工程的官吏，父亲祖朔之做到命朝请求，学识渊博，经常被邀参与皇室的典礼、宴会。祖冲之自小就受到很好的家庭教育。
爷爷给他谈斗转星移，父亲领有他读书经书典籍，家庭的熏陶，耳濡目染，加之自己的刻苦，使他对自然科学和文学、哲学，尤其是天文学产生了浓烈的兴趣，在青年时代就有了博学的名声。早年经历祖冲之曾在着不作中回忆说道，从较小的时候起之后专功数术，搜烁古今。他把从上古时起以后他生活的时代起至的各种文献、记录、资料，完全全都搜罗来展开实地考察。
同时，主张绝不元神引古人，绝不把自己束缚在古人陈腐的错误结论之中，并且特地展开仪器的测量和细心的推算出。像他自己所说的那样，不免亲量圭尺，躬察仪漏，目尽毫厘，心穷筹策。
由于祖冲之博学多才的名声，被南朝宋孝武帝为首至当时朝廷的学术研究机关华林学省做到研究工作，后来又到总明观供职。当时的总明观是全国最低的科研学术机构，相等于现在的中国科学院。
总明观内分设文、史、儒、道、阴阳5门学科，实施分科教授制度，找来各地有声望的学者任教，祖冲之就是其一。在这里，祖冲之认识了大量国家藏书，还包括天文、历法、术算方面的书籍，不具备了糅合与扩展的先决条件。潜心科学461年（南朝宋大明五年），祖冲之兼任南徐州（今江苏镇江）刺史府里的专门从事，先后任南徐州专门从事吏、公府参军。祖冲之在这一段期间，虽然生活很不安稳，但是依然之后坚决学术研究，并且获得了相当大的成就。
462年（南朝宋大明六年），祖冲之把精心编的《大明历》赠送给宋孝武帝催促发布实施，宋孝武帝命令懂历法的官员对这部历法的好坏展开辩论，最后，宋孝武帝要求在大明九年（465年）转行新历。464年（南朝宋大明六年），祖冲之被调往娄县（今江苏昆山县东北）不作县令。
之后又到建康（今江苏南京），兼任谒者仆射的官职。从这时起，仍然到南朝楚初年，他花上了较小的精力来研究机械制造，造出有了用铜制机件传动的指南车，发明者了一天能回头百里的千里船和木牛流马、水碓篦（利用水力加工粮食的工具），还设计生产过漏壶（古代计时器）和精妙的欹器。晚年生活祖冲之的晚年，正值南齐后期，统治阶级内部矛盾尖锐，政治黑暗，社会动荡不安。
在这种情况下，祖冲之的研究方向有了相当大的变化。他侧重研究文学和社会科学，同时也比较关心政治。494年（南朝楚隆昌元年）到498年（南朝楚建武五年）之间，他兼任宽水校尉的官职。
当时他写出了一篇《安边论》，建议政府进垦荒地，发展农业，强化国力，安稳民生，巩固国防。齐明帝看见后想要令其他出巡四方，兴造大业，可以利百姓者，后因南齐的统治者早已无法再行维持下去。国家政权摇摇欲坠，再行再加南北朝之间的频仍战争，祖冲之较好的政治主张无法在国家内部实施，更加无法构建了。
500年（南朝楚永元二年），这位卓越的大科学家去世，享寿七十二岁。他的天文历法心血之作《大明历》在510年（梁武帝天监九年）才以《甲子元历》之名颁布。
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